本系負責食品科學與工程本科專業的專業建設與人才培養、食品科學與工程學科的學科建設與碩士、博士研究生培養以及本領域的科學研究工作。成立于1983年，現有教師47人，其中教授10人，副教授24人，具有博士學位教師比例達100%，擁有半年以上海外研修經曆的教師比例達68%，專業還擁有海外兼職教授6人。教師隊伍中榮獲長江學者、國家萬人等省級以上榮譽50人次。擁有食品科學與工程博士後流動站、食品科學與工程博士學位授權一級學科、江蘇省農産品生物加工與分離工程技術研究中心、國家農産品加工裝備研發分中心、中央與地方共建“食品質量與安全實驗室”和“食品與生物工程實驗室”、江蘇省高校實驗教學示範中心建設點“食品與生物工程實驗中心”，實驗室面積達7000平方米，實驗儀器設備價值5000餘萬元。

本系承擔的《食品加工機械與設備》課程被評為國家一流課程、國家級精品課程、江蘇省精品課程，《現代食品檢測技術》課程被評為國家精品課程、江蘇省精品課程，《食品工程原理》課程被評為江蘇省在線開放課程，《創造學基礎》課程被評為江蘇省一類優秀課程，《食品化學》、《食品工藝學》、《生物化學》等課程被評為校級精品課程。專業的特色為“厚食品科學理論、強工程實踐能力、通世界前沿技術”，通過專業學習讓學生掌握食品科學與工程理論、技術、管理及相關科學研究的基本技能訓練，培養具有較好的人文社會科學素養，适應社會經濟發展的需要的專業人才。

目前，食品科學與工程本科專業正在向國際化品牌專業邁進，于2010年與英國利茲大學合作，舉辦2+2食品科學與工程國際課程實驗班；2018年與新加坡國立大學簽署食品科學與工程專業3+1+1合作辦學協議，并已培養11人。2020年與聯合國工業發展組織簽署協議，開展聯合培訓、實習交流等合作。

食品科學與工程學科在教育部第四輪學科評估中獲評為B⁺學科，并列該學科全國第八。本專業于2016年和2019年連續兩次通過工程教育認證，并與2019年入選首批國家一流建設專業。近三年，本專業畢業生就業情況良好，就業率達97%以上，考研錄取率達30%以上，畢業生分布于各類食品企業以及有關公司、科研單位、管理部門或高等院校從事管理、研究、開發、設計、營銷和教學等崗位。